Có một số bệnh di truyền của mối quan tâm đến các nhà lai tạo ngựa Quarter: gồm Hyperkalemic hay liệt định kỳ (HYPP) được gây ra bởi một gen trội NST thường liên kết với gen của giống ngựa này. Nó được đặc trưng bởi sự co giật không kiểm soát được của cơ bắp và tình trạng yếu cơ đáng kể hoặc bị liệt giữa những con ngựa bị ảnh hưởng. Bởi vì nó là một gen trội, chỉ có bố hoặc mẹ phải có gen cho nó mới được truyền cho con cái. Có một thử nghiệm DNA cho chứng HYPP, đó là yêu cầu của AQHA.

Tăng thân nhiệt ác tính cũng là bệnh đặc trưng của giống này. Một nhân gây đột biến gen tương thụ ryanodine 1 gen (RyR1) tại nucleotide C7360G, tạo ra một R2454G (một loại amino acid) thay thế đã được xác định trong giống ngựa Quarte Mỹ, giống với ngựa Quarter thuỷ tổ, chúng được thừa hưởng gen này như là một tính trạng trội. Nó có thể gây ra bởi điều kiện làm việc quá sức, gây mê, hoặc quá căng thẳng.

Bệnh Di truyền Equine Regional Dermal kèm Suy nhược (HERDA), còn được gọi là hyperelastosis cutis (HC). Điều này là do một gen lặn nhiễm sắc thể thường, và do đó, không giống như HYPP, HERDA chỉ có thể được truyền qua nếu cả cha và mẹ mang gen đó (do đó hiếm gặp hơn). Khi một con ngựa có bệnh này, có một khiếm khuyết collagen có kết quả trong các lớp của da không được tổ chức lại với nhau (liền da). Vì vậy, khi con ngựa đang cưỡi bằng yên hoặc bị chấn thương ở lớp da, lớp ngoài thường chia tách hoặc tách từ lớp sâu hơn (rách da), hoặc nó có thể xé toạc ra và hoàn toàn gây tổn thương cho ngựa. Nó hiếm khi được chữa lành mà không làm biến dạng những vết sẹo. Chứng rám nắng cũng có thể là một mối quan tâm của chủ ngựa. Trong trường hợp kịch tính, biến chứng da ngựa bị bệnh có thể rách dọc lưng và thậm chí lan xuống hai bên trông giống với một con ngựa đen bị lột da sống nhìn rất ghê. Hầu hết những con ngựa với chứng HERDA được để cho chết đi vì lý do nhân đạo (an tử động vật) ngay từ lúc hai tuổi và chậm hơn là bốn năm.

Glycogen phân nhánh Enzyme khiếm khuyết (GBED) là một bệnh di truyền nơi con ngựa đang thiếu một loại enzyme cần thiết để lưu trữ glycogen, cơ tim và xương cơ bắp của con ngựa có thể không hoạt động, dẫn tới tử vong nhanh chóng và đột ngột (ngựa đột tử). Bệnh xảy ra ở những con ngựa con mang di truyền có yếu tố là đồng hợp tử cho ra GBE là loại alen gây chết, có nghĩa là cả hai cha mẹ mang theo một bản sao của gen. Các con ngựa giống từ cá thể P-234 có liên quan đến bệnh này. Có một xét nghiệm máu DNA cho gen này để xác định nguồn gốc bệnh này.